提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
台消费者信心指数新年上扬 学者:经济前景依旧悲观******
中新社台北1月30日电 台“中央大学”台湾经济发展研究中心30日公布2023年1月消费者信心指数(CCI)为59.73点,终止连续四个月下跌。该研究中心执行长吴大任提醒,这是春节效应的短期影响,出口低迷的压力仍在,台湾经济前景依旧悲观。
综合中央社、《经济日报》等台媒报道,和去年12月相比,“中央大学”公布的1月新指数上升了0.61点。六项分项指标中,就业机会、家庭经济状况、投资股市时机等五项上升,物价水准指标下降,上升最多的指标为“未来半年台湾内部经济景气”。
吴大任指出,不宜以景气好转来解读1月CCI指数和分项指标的回升。时值农历春节,民众出门消费、游玩营造出内需升温的情况,这是短期现象。他认为,台湾经济最大的隐忧在出口;美国去年激进升息的影响还在发酵,通货膨胀与升息的压力夹击进一步冲击台湾出口,对家庭经济、企业投资的冲击会持续累积。
台湾1月上旬通过“平均地权条例”部分条文以打击炒房,吴大任说,在此前提下信心指数却回升,被认为“打房”效果影响有限。
据介绍,该信心指数由“中央大学”台湾经济发展研究中心主办,调查期间为1月18日至21日,共访问2900名台湾地区20岁以上民众,抽样误差为正负2%。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)